В 1963 тюрьма Алькатрас была закрыта, а всех заключенный перевели. Но все это оказывает ложью офицер полиции Ребекка Мэдсен узнает, что заключенный начинают появляться в нашем времени с какой то целью. В помощники она берет эксперта по тюрьме доктора Сото.
Агент ФБР Эмерсон Хаузер видит упорство Ребекки, поэтому он берет её и Сото в свою команду. Не понятным образом заключенные появляются в городе, с целью или просто продолжая убивать. Некоторые отъявленные психопаты, которым не важна человеческая жизнь.
Остальные заключенные выполняют приказы, которые могут раскрыть тайну о произошедшем в 1963 году. Многие из них пытаются заполучить три ключа, которые могут открыть дверь в тюрьме, за который может быть разгадка происходящего.
Ребекка выясняет, что её дедушка Томми Мэдсен также связан с этим делом и именно он убил её напарника. Ребекка хочет узнать, почему её дедушка в этом замешен и почему он может служить ключом к этому расследованию. Сото будет ей в этом помогать, ведь он изучал каждого заключенного, которые могут дать след к Томми.